Złowrogi Mech Morphix wchodzi w posiadanie tajemniczej substancji mutującej zwierzęta i ludzi. Chcąc podbić świat, tworzy armię odmieńców, którą rzuca na Nowy Jork. Niestety, potwory stają się agresywne wobec pięknych kobiet, czym narażają się bohaterowi. Duke Nukem wkracza do akcji - silny, zły i wyposażony w artylerię, jakiej nie powstydziłby się pluton komandosów!